Ban lãnh đạo của Đại học Jagiellonia đã quyết định thành lập một trường dự bị cho học viên (chỉ dành cho nam) để học lên cấp đại học vào ngày 5 tháng 5 năm 1586. Trường được mở vào năm 1588. Bartłomiej (Bartholomew) Nowodworski (sinh năm 1552, mất ngày 13 tháng 2 năm 1625), quý tộc Ba Lan, triều thần và sĩ quan, đã cấp vốn cho trường vào năm 1617 và 1619, do đó cho phép trường mở rộng hơn nữa. Để ghi nhận sự đóng góp của ông, trường được biết đến với tên Collegium Nowodworskiego, được đổi tên thành Liceum w. Anny (St. Ann's Lyceum) năm 1818 và thành ck Gimnazjum św. Anny (Phòng tập thể dục của Hoàng gia và Hoàng gia St Ann) vào năm 1850. Năm 1898, trường trước đó còn nằm trong khu vực trường đại học, được chuyển đến tòa nhà hiện tại ở quảng trường Groblach (kiến trúc sư Józef Sare).

Các nữ sinh được nhận vào trường lần đầu tiên vào năm 1962.